该院胸外科是省内领先、全国一流的胸外科疾病诊治中心，拥有丰富的胸腔手术经验和胸腔镜微创手术技术。该科在肺癌、食管癌、手汗症等疾病的诊疗方面具有领先地位，年门诊量、出院量和手术量均较高。同时，该科在科研方面成果显著，多次获得国家级和省级科研项目资助，发表SCI源学术论文50余篇，主办多次国家级和省级胸外科新技术学习班。
第二、福建医院该院胸外科，胸外一科现有床位41张，年手术量余台，拥有一支高水平的护理团队。胸外二科年开展手术约台。胸外三科成立于年10月，该科每年完成常规胸外科手术逾台，其中微创手术近90%。
第三、医院该院胸外科成立于年，由肿瘤科胸组和心外科胸组组建，是福建医科大学和福建中医药大学胸外科专业硕士学位授予点。该科拥有医师15人，教授、主任医师名，副教授、副主任医师4名，专业护理团队40余人，床位8张。在肺癌、气管肿瘤、食管贲门癌、纵隔肿瘤治疗方面有丰富经验，微创治疗技术先进。同时，对食管良性肿瘤、漏斗胸、鸡胸、手汗症、肺大疱等疾病也有良好治疗效果。胸外科还获得四级胸外科腔镜手术资质，并获批为专科培训基地。
第四、医院该院胸外科，成立于年，是福建省内胸外科疾病防治中心之一。该科在年率先在福建省开展电视胸腔镜手术，并在D胸腔镜技术、肺移植手术、达芬奇机器人肺癌切除术等方面取得多项突破。全科现有医护人员58人，其中高级职称12人，享受国务院特殊津贴1人，博士导师1人。科室荣誉丰富，已成为国内胸外科领域的佼佼者。
第五、福建医院该院胸心血管外科自80年代初建立，已有0余年发展，具备高水平的医疗团队，包括多名主任医师、副主任医师、主治医师等，以及丰富的专业技术。科室在胸部疾病及血管外科领域开展多项特色诊疗项目，部分技术已达省内领先水平，个别接近国家水平。微创手术率达90%以上，尤其对心肺功能影响小，备受患者青睐。同时，科室在大血管病变、周围血管病变、内脏动脉病变等方面也具有丰富治疗经验。